Masonluk, Ergenekon soruşturması başladıktan sonra da sık sık gündeme geldi. Şamil Tayyar, Star gazetesindeki yazılarında ve söyleşilerinde, Ergenekon’la Masonluğun ilişkili olduğunu hatta soruşturmanın Masonların üst düzeylerine uzandığı için durduğunu iddia etti.
